Обычно, такие пятна появляются от ржавых маяков в стенах. Тогда достаточно демонтировать их пока шпатлевка не затвердела, а получившиеся выемки – заштукатурить тем же материалом. Если готовите эту стену под обои, можно покрыть стену слоем плёнкообразующей грунтовки, это не даст пятнам проявиться.